بدیهی است که نظام حکمرانی موجود سیستم حمل و نقل شهر تهران همانند بسیاری از کلان شهرهای کشور، یک نظام حکمرانی ناکارآمد است.
بارزترین و قابل تامل‌ترین مشخصه‌ی نظام فعلی حمل و نقل، نحوه تخصیص منابع در آن است. عمده‌ترین مصرف منابع عمومی مربوط به تامین زیرساخت و سوخت ارزان است، که موجب ناکارآمدی نظام فعلی گردیده است.
۱) نارضایتی عمومی با توزیع ناعادلانه منابع عمومی و فرصت‌ها
در حال حاضر بسیاری از منابع دولتی (سوخت و زیرساخت ارزان و رایگان) صرف توسعه زیرساخت‌های حمل و نقل شخصی می‌شود. بنابراین عدم توانایی عموم افراد جامعه برای استفاده از یارانه‌های دولتی موجب ناعدالتی در جامعه می‌شود. در نظام فعلی از سویی منابع عمومی در عوض توسعه حمل و نقل همگانی به منظور تامین سوخت و زیرساخت ارزان مصرف می‌شود و از سوی دیگر حجم ترافیک خودروهای شخصی، کارآمدی حمل و نقل‌های همگانی مختلط با حمل و نقل شخصی را می‌کاهند. همچنین در نظام حکمرانی فعلی حمل و نقل، افرادی که خودروی شخصی ندارند، فرصت‌های اجتماعی و اقتصادی بسیاری را نیز از دست خواهند داد.
۲) افزایش هزینه‌های حمل و نقل در سبد هزینه‌های خانوار
در نظام فعلی حمل و نقل شهری، خرید خودرو به عنوان یکی از اولویت‌های اقتصادی خانوارها دیده می‌شود. دلیل اصلی آن نیز، ارائه سوخت و زیرساخت ارزان شهری (شبکه معابر، پل و تونل) توسط شهرداری در عوض تکمیل سیستم حمل و نقل همگانی است. لزوم خرید خودروی شخصی در خانوارهای تهرانی، علاوه بر تحمیل هزینه‌های اضافی به نهاد خانواده موجب ایجاد سبک زندگی ناصحیح در شهر و وارد شدن هزینه‌های سربار بسیار سنگین حاصل از افزایش بی‌رویه تعداد خودروهای شخصی بر جامعه خواهد شد.
۳) چرخه معیوب توسعه شبکه معابر و افزایش ترافیک معابر
تجربه کلانشهر تهران عدم تاثیر قابل توجه توسعه شبکه معابر در مدیریت حمل و نقل شهری را برای مسئولین ثابت کرده است. این تجربیات نشان می‌دهد که ترافیک معابر و تردد خودروی شخصی با گذشت زمان محدودی از احداث به وضعیت نامطلوبی خواهد رسید. زیرا توسعه شبکه معابر به جای توسعه حمل و نقل همگانی به معنی محوریت حمل و نقل شخصی بوده و مطلوبیت را در این شیوه افزایش می‌دهد. بنابراین افزایش استفاده از خودروی شخصی در شهرها را نیز به همراه خواهد داشت.
۴) افزایش هزینه‌های اجتماعی سیستم حمل و نقل
مصرف بالای سوخت، یارانه‌های غیرهدفمند و غیرمعقول واردات سوخت، تعداد بالای تصادفات فوتی و جرحی و سهم بالای هزینه‌های آن از تولید ناخالص داخلی، آثار سوء زیست محیطی شامل آلودگی هوا، آلودگی صوتی، آلودگی بصری، صدمات زیست محیطی، خسارات اجتماعی نظیر اتلاف وقت و آشفتگی روانی و سایر هزینه‌های تحمیلی از نظام نامطلوب حمل و نقل در شهر تهران است.
۵) افزایش هزینه‌های بازگشت به الگوی سالم حمل و نقل با گذشت زمان
در صورت از دست دادن فرصت بازگشت به الگوی صحیح حمل و نقل، با گذشت زمان سه نوع هزینه ملی افزایش می‌یابد:
هزینه فرصت از دست رفته، هزینه تغییر الگوی زندگی و هزینه تغییر زیرساخت‌های حمل و نقل. در صورت از دست دادن فرصت زمان، هزینه‌هایی به شهر و کشور وارد شده و منافعی از دست می‌روند. از طرفی بررسی تجربه کشورها نشان می‌دهد که در صورت شکل‌گیری الگوی ناصحیح حمل و نقل و با گذشت زمان، تغییر آن هزینه‌های بیشتری نیاز داشته و در برخی موارد امکان پذیر نیست. همچنین در شهری که زیرساخت‌ها و امکانات آن با محوریت حمل و نقل شخصی شکل گرفته است، تغییر به سمت محوریت حمل و نقل همگانی هزینه‌های بسیاری به دنبال خواهد داشت.
۶) نظام حمل و نقلی ناکارآمد، عامل شکل‌گیری الگوی زندگی معیوب و افزایش دائمی هزینه‌های مذکور
نظام فعلی حمل و نقل منابع خود را به منظور تامین زیرساخت و سوخت ارزان هزینه کرده و به طور مستقیم مردم را به خرید خودروی شخصی ترغیب می‌نماید. در صورت عدم تغییر نظام فعلی حمل و نقل شهری، چرخه باطل افزایش استفاده از خودروی شخصی و افزایش هزینه‌های جامعه هیچگاه متوقف نخواهد شد.
متاسفانه تاکنون راهکار اولیه و ابتدایی برای پاسخ به نیاز جابجایی شهروندان، توسعه‌ی شبکه معابر (راه‌ها، تقاطعات غیرهمسطح، پل‌ها، تونل‌ها و …) بوده است. عواقب اجتماعی توسعه شبکه معابر و همچنین هزینه تخصیص زمین نیز در نظر گرفته نشده است. راهکارهایی چون کاهش نیاز به سفر و کاهش طول و زمان آن، راهکاری «بدون متولی» و راهبردهایی چون توسعه حمل و نقل همگانی در اولویت‌های بعدی مسئولان بوده اند، که موجبات نظام حکمرانی حمل و نقل « ناکارآمد» را فراهم نموده است.