بزرگترین چالش در استفاده فراگیر از ابزار‌های بازار‌های مالی، فراگیری نقاط دسترسی به این ابزارهاست در ایران مرسوم است که شعب بانک‌ها نقاط تماس فراگیری هستند و از این رو بهره‌گیری از بانک‌ها، به دلیل تعداد بالای شعب و پراکندگی آن‌ها در کشور، سهولت بیشتری نسبت به بازار سرمایه دارد. همچنین ادبیات تعریف ابزار‌های بازار پول بسیار ساده‌تر و قابل فهم‌تر برای مردم عادی است و در مقابل ابزار‌های بازار سرمایه معمولا پیچیده‌تر؛ به همین دلیل بازار پول همواره با توفیقات بیشتری همراه بوده است.
باید توجه داشت که این بازار نمی‌تواند پاسخگوی چالش‌های روز و نیازمندی‌های تخصصی‌تر باشد؛ ضمن اینکه در سال‌های اخیر انواع ابزار‌های مالی در بازار سرمایه رشد قابل توجهی از نظر کمی و کیفی داشته است و می‌توان امید داشت که به تدریج سهم بازار سرمایه از این نسبت تغییر کند و بتواند سهم بیشتری از تامین مالی بنگاه‌های اقتصادی را به عهده بگیرد.
دلیل دیگر توفیق بازار پول نسبت به بازار سرمایه امکان تامین مالی کوتاه مدت است و تقریباً تا قبل از ایجاد امکان جدید «PDF»‌ها؛ روشی برای تامین مالی کوتاه مدت بنگاه‌ها در بازار سرمایه وجود نداشت؛ بنابراین بازار سرمایه با ایجاد انعطاف در سطوح مختلف ریسک‌پذیری و طراحی سازکار‌های متنوع‌تر نسبت به بازار پول می‌تواند آینده‌ای روشن‌تر از آن داشته باشد. به‌ویژه اینکه در آینده نزدیک نیاز به نقاط تماس فیزیکی (شعب بانک‌ها) به طور کلی از بین خواهد رفت و کانال‌های مجازی فراگیری ویژه‌ای خواهند داشت.
مهمترین چالش امروز بازار‌ها در کشور، دستکاری و مداخله در قیمت‌هاست؛ به طور معمول این قیمت سازی توسط سوداگران انجام می‌شود و همین امر بزرگترین عامل و ریشه ایجاد تورم در این بازار‌هاست؛ اما نباید فراموش کرد که در اقتصاد تورمی ایران، افزایش قیمت کالا‌ها امری مرسوم است و مردم عادی نباید هدف این طرح قرار بگیرند. به عبارت دیگر، شخصی که یک دارایی را برای استفاده شخصی و نه با انگیزه سوداگری می‌خرد، نباید به دلیل افزایش تورم و به تبع آن افزایش قیمت دارایی‌اش؛ مشمول این نوع مالیات شود. بلکه این طرح باید سوداگرانی را که به قصد قیمت‌سازی وارد بازار‌ها می‌شوند را هدف قرار دهد.
باید توجه داشت که در بازار‌های مالی به ویژه در عموم معاملات کالایی برای اینکه تغییرات قیمت‌ها رخ دهد، نیاز به انجام حداقل معاملات (حجم مبنای مشخص) است. به عبارت دیگر، باید حجم مشخصی از معاملات در قیمت‌های جدید انجام شود تا آن قیمت توسط فعالان بازار پذیرفته شود. فاصله حجم معاملات برای قیمت‌سازی با حجم مبنای معاملات، می‌تواند معیار مناسبی برای تشخیص «معاملات قیمت‌ساز» و اخذ مالیات از مابه‌التفاوت قیمت دستکاری شده تا قیمت واقعی باشد.
از طرفی تقویت سیستم اعتبار سنجی در کشور برای نهاد‌های مختلف پولی و مالی مثل بانک‌ها و صنعت بیمه از اهمیتی خاص برخوردار ایت چون تقویت سیستم اعتبارسنجی باعث می‌شود که سرعت و کیفیت مبادلات مالی افزایش یابد؛ به این ترتیب، باتوجه به روشن بودن وضعیت اعتباری اشخاص حقیقی و حقوقی، امکان تخصیص سریعتر منابع میسر و بسیاری از بروکراسی‌های اداری نیز حذف می‌شود. از سوی دیگر، فرهنگ ایفای تعهدات در جامعه به شکل جدی‌تری تضمین خواهد شد. همانطور که امروز در کشور‌های توسعه‌یافته تقریبا تمامی مراودات مالی اشخاص و سازمان‌ها در گرو کارنامه اعتباری آن‌هاست؛
در ایران نیز حرکت به سوی اعتبارسنجی برای اعطای تسهیلات آغاز شده و به تدریج جایگزین تضامین کنونی می‌شود.